Suche nach Personen

plus im Publikationsserver
plus bei Google Scholar

Bibliografische Daten exportieren
 

Long-Read Amplicon Sequencing of Nitric Oxide Dismutase (nod) Genes Reveal Diverse Oxygenic Denitrifiers in Agricultural Soils and Lake Sediments

DOI zum Zitieren der Version auf EPub Bayreuth: https://doi.org/10.15495/EPub_UBT_00005109
URN zum Zitieren der Version auf EPub Bayreuth: urn:nbn:de:bvb:703-epub-5109-7

Titelangaben

Zhu, Baoli ; Wang, Zhe ; Kanaparthi, Dheeraj ; Kublik, Susanne ; Ge, Tida ; Casper, Peter ; Schloter, Michael ; Lüders, Tillmann:
Long-Read Amplicon Sequencing of Nitric Oxide Dismutase (nod) Genes Reveal Diverse Oxygenic Denitrifiers in Agricultural Soils and Lake Sediments.
In: Microbial Ecology. Bd. 80 (1 Juli 2020) Heft 1 . - S. 243-247.
ISSN 1432-184X
DOI der Verlagsversion: https://doi.org/10.1007/s00248-020-01482-0

Volltext

[thumbnail of Zhu2020_Article_Long-ReadAmpliconSequencingOfN.pdf]
Format: PDF
Name: Zhu2020_Article_Long-ReadAmpliconSequencingOfN.pdf
Version: Veröffentlichte Version
Verfügbar mit der Lizenz Creative Commons BY 4.0: Namensnennung
Download (766kB)

Abstract

Microorganisms play an essential role in nitrogen cycling and greenhouse gas emissions in soils and sediments. The recently discovered oxygenic denitrifiers are proposed to reduce nitrate and nitrite via nitric oxide dismutation directly to N2 and O2. So far, the ecological role of these microbes is not well understood. The only available tool for a targeted study of oxygenic denitrifiers is their respective maker gene, nitric oxide dismutase (nod). Here, we established the use of PacBio long-read sequencing of nod gene amplicons to study the diversity and community structure of oxygenic denitrifiers. Two distinct sets of environmental samples, agricultural soil and lake sediment, were investigated as examples. The circular consensus sequences (ca 1.0 kb) obtained covered most substitution characteristic of NO dismutase and allowed for reliable classification of oxygenic denitrifiers. Distinct nod gene pools and community structure were revealed for the different habitats, with most sequence types affiliated to yet unidentified environmental nod lineages. The abundance of nod genes ranged 2.2 × 106–3.2 × 107 gene copies g−1 soil or sediment, accounting for up to 3% of total bacterial 16S rRNA gene counts. This study indicates that nod-gene-targeted long-read sequencing can be a powerful tool for studying the ecology of these novel microbes, and the results also suggest that oxygenic denitrifiers are prevalent and abundant in different terrestrial samples, where they could play an important, but yet overlooked role in nitrogen transformations.

Weitere Angaben

Publikationsform: Artikel in einer Zeitschrift
Themengebiete aus DDC: 500 Naturwissenschaften und Mathematik > 570 Biowissenschaften; Biologie
Institutionen der Universität: Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Biologie > Lehrstuhl Ökologische Mikrobiologie > Lehrstuhl Ökologische Mikrobiologie - Univ.-Prof. Dr. Tillmann Lüders
Forschungseinrichtungen > Zentrale wissenschaftliche Einrichtungen > Bayreuther Zentrum für Ökologie und Umweltforschung - BayCEER
Fakultäten
Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften
Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Biologie
Fakultäten > Fakultät für Biologie, Chemie und Geowissenschaften > Fachgruppe Biologie > Lehrstuhl Ökologische Mikrobiologie
Forschungseinrichtungen
Forschungseinrichtungen > Zentrale wissenschaftliche Einrichtungen
Sprache: Englisch
Titel an der UBT entstanden: Ja
URN: urn:nbn:de:bvb:703-epub-5109-7
Eingestellt am: 24 Sep 2020 10:41
Letzte Änderung: 15 Sep 2023 10:38
URI: https://epub.uni-bayreuth.de/id/eprint/5109

Downloads

Downloads pro Monat im letzten Jahr